若干迷ったので記録しておきます。状況としては、さくらインターネットのスタンダードと、Valueドメインで取得した独自ドメインを使用しています。

• サーバコントロールパネル
• 左のメニューの「ドメイン設定」
• 「新しいドメインの追加」
• 「4. 他社で取得、または他社で管理中のドメインを移して使う」の「上記以外のドメインの場合」
• 「この項目は非推奨と、、」のメッセージが出るけどそのまま進む
• 他社で取得された独自ドメインへのサブドメインの追加

あとは、画面通りにディレクトリの指定などをして完了です。登録したサブドメインは 10分もしないくらいでアクセス可能でした。早いですね。